ეროვნული თავდაცვის აკადემიის სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამა წარმოადგენს ოფიცრის უმაღლესი სამხედრო განათლებისა და აკადემიური უმაღლესი განათლების მეორე საფეხურს, რომელიც უზრუნველყოფს საქართველოს თავდაცვის ძალების ოფიცრებისა და სხვადასხვა უწყების წარმომადგენლების აუცილებელი კომპეტენციების და უნარ-ჩვევების განვითარებას. პროგრამები ემსახურება სამხედრო მოსამსახურეებში და სამოქალაქო პირებში ცოდნის გაღრმავებას, კონკრეტულ სფეროში უნარების გამომუშავებასა და განათლების სტანდარტის გაუმჯობესებას.

ეროვნული თავდაცვის აკადემიის სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამები დაფუძნებულია მსოფლიოში აპრობირებულ მეთოდებზე, ითვალისწინებს საუკეთესო საერთაშორისო პრაქტიკას და პასუხობს სამხედრო და საგანმანათლებლო სფეროებში არსებულ თანამედროვე გამოწვევებს.